Современные методы выделения днк из биожидкостей

Введение
ДНК на сегодняшний день является очень важным биологическим материалом, который применяется в различных областях медицины, биотехнологии, криминалистики и фармацевтики с диагностическими, исследовательскими или лечебными целями. Для любых манипуляций необходимо чтобы ДНК, выделяемая из различных объектов, в том числе и биожидкостей, была как можно более чистой от примесей и содержала как можно меньше повреждений. Для того, чтобы экстрагировать ДНК из биологических жидкостей существует несколько методов, основанных на химических и физических свойствах как самой ДНК, так и той биожидкости, из которой происходит выделение. Под методами выделения понимаются сразу две стадии – выделение и очистка, которые совмещаются в рамках одного процесса, так как существующие методы выделения не позволяют получить чистый продукт.
Существующие методы можно разделить на две группы:
1. «Классические» методы, отличительными особенностями которых являются относительная дешевизна, большая длительность процесса, не такие высокие показатели чистоты. Обычно это химические методы выделения ДНК;
2. Современные методы, главными чертами которых можно назвать высокую скорость процесса, относительную простоту его масштабирования, высокие показатели чистоты. В основном это комбинированные методы с использованием принципов хроматографии.
Такая классификация является достаточно условной, но позволяет показать различия между методами выделения ДНК.
Целью данной работы является изучение и анализ методов выделения ДНК из биожидкостей.
В рамках поставленной цели решаются следующие задачи:
• Ознакомиться с «классическими» методами выделения ДНК из биожидкостей;
• Ознакомиться с современными методами выделения ДНК из биожидкостей;
• Сравнить изученные методы.

«Классические» методы экстракции ДНК из биожидкостей
Методы, основанные на использовании различных химических реагентов для выделения ДНК из биожидкостей, применяются достаточно давно. Они использовали полярность молекулы ДНК и её свойство, позволяющее ей не растворяться в органических растворителях. Одним из таких методов является фенол-хлороформная экстракция.
Такой метод позволяет получить ДНК не очень высокой степени чистоты, так как большую трудность представляет избавление от остатков органических растворителей, которые, несмотря на центрифугирование и визуальное разделение фаз, все равно будут присутствовать в водном растворе ДНК, что можно отметить на спектрофотометре по соотношению А260/А230.
Метод фенол-хлороформной экстракции проходит следующим образом:
1. Биожидкость, которая содержит клетки с необходимой ДНК подвергается центрифугированием с высаживанием клеток, их ресуспендированием в солевом буфере с нейтральным показателем pH, а после лизируются посредством специального лизирующего буфера. Состав лизирующего буфера может быть разнообразным, но наиболее часто применяются буферы, содержащие 200 мМ NaOH и 1% SDS, либо протеиназу K. Если применялся буфер с SDS и NaOH, то необходимо провести нейтрализацию раствора не более чем через 5-7 минут после добавления лизирующего буфера. Обычно, в качество нейтрализующего буфера используется 3М АсК.
2. После проведенного лизиса необходимо провести отделение к